游戏中，同盟与轴心两大阵营各拥有不同的“指挥官系统”，每个系统可选择三种指挥官，每个指挥官决定了多项的作战行动，例如同盟国专属的指挥官系统是“步兵连队”、“空降连队”和“装甲连队”，玩家可在不动用现有的资源下，呼叫额外的榴弹炮、坦克与步兵加入战场，虽然玩家身为陆军总司令，仍可呼叫伞兵空降，随时加入袭击行动，甚至指挥空军对敌方基地进行空中轰炸，让对方顿时陷入火海之中。
轴心国也不甘示弱，指挥官系统包括了“防御主义”、“闪击战主义”与“恐惧主义”，展现出历史上帝国主义的一贯恐怖作风，例如呼喊祖国万岁，全体步兵增加防御值，呼叫令人胆颤的虎式坦克加入战场，进行资源奇袭以获得大量人力资源，以及闪击能力让步兵与车辆获得压倒性速度，心战宣传迫使敌军撤退等。创新的“指挥官系统”为原本就激烈不已的战场投下更多无法预期的变数。